Nasce a Pozzolengo (Brescia) nel 1933. Dopo la laurea in legge, si dedica all’insegnamento del diritto e contemporaneamente coltiva l’arte della pittura e della fotografia.

Sono degli anni sessanta i cortometraggi Le stagioni (1961), Domenica sera (1962), Emigranti (1963) ed Evasi (1964), tutti premiati al Festival di Montecatini, e il primo lungometraggio, Il pianeta azzurro (1982), ottiene alla 50a Mostra del Cinema di Venezia il premio BCV per un nuovo autore e il Premio UNESCO; l’anno successivo si aggiudica un Nastro d’argento.

Nel 1984 cura la regia di Suor Angelica di Puccini al Maggio Musicale Fiorentino, nell’anno successivo dirige La forza del destino di Verdi e nel 1990 la Norma di Bellini al Teatro Grande di Brescia.

È del 1989 Nostos, il ritorno, rivisitazione del mito di Ulisse, presentato al Festival di Locarno, al Mill Valley Film Festival di San Francisco e al Festival di Mosca.

Nel 1996 Voci nel tempo vince il Premio FEDIC alla Mostra del Cinema di Venezia.

Nel 1998 al Filmtage di Gottingen ottiene il premio del pubblico.

Nel 2002 realizza Al primo soffio di vento presentato in concorso al Festival di Locarno e nel 2003 viene invitato al Sundance Film Festival. Il film vince il Premio del Pubblico al 16° Neue Heitmatfilm di Freistadt e quello per il miglior film straniero al Santa Cruz Film Festival 2004.

Nel 2004 al Quirinale gli viene conferito il Premio Vittorio De Sica.

Seguono: Affettuosa presenza (2005), tratto dall’epistolario Bellintani-Parronchi, Il pianeta azzurro (2008) e L’Orto di Flora (2009), parte del film documentario Terra Madre diretto da Ermanno Olmi.

Nel 2010 gli viene conferita la medaglia del Presidente della Repubblica Italiana nell’ambito del Premio Solinas e nel 2016 il festival Cinema du Réel di Parigi gli dedica una retrospettiva integrale.